وفي عام 1881، قاد الإمام (الزعيم الديني) محمد أحمد المهدي، أبو القومية السودانية الحديثة، الثورة المهدية. يمكن اعتبار المهدية (الثورة المهدية) أول حركة قومية في السودان الحديث. تمكنت قوات المهدي من استعادة العاصمة الخرطوم في 26 يناير 1885. لكنه توفي بعد خمسة أشهر، في يونيو 1885. وحكم خليفته، خليفة عبد الله التعايشي، السودان طوال الفترات التي سبقت الاحتلال الإنجليزي الخديوي. (1885 – 1898).
وأثناء الاحتلال البريطاني، تم مد خطوط التلغراف والسكك الحديدية لربط بعض أجزاء البلاد. تم افتتاح بورتسودان في عام 1906، ليحل محل سواكن كمنفذ رئيسي للبلاد على البحر الأحمر. وفي عام 1911، تم إنشاء مشروع للقطن عالي الجودة في الجزيرة بوسط السودان لتغذية صناعة النسيج في بريطانيا. تم الانتهاء من بناء سد الري بالقرب من سنار في عام 1925. جعل مشروع الجزيرة من القطن الدعامة الأساسية لاقتصاد البلاد وحول المنطقة إلى المنطقة الأكثر كثافة سكانية في السودان.
ومع ذلك، تعاملت السلطات البريطانية مع المقاطعات الجنوبية الثلاث، الاستوائية، وأعالي النيل، وبحر الغزال (جمهورية جنوب السودان اليوم)، باعتبارها مناطق منفصلة. وكان السودان يدار ككيانين منفصلين. وفي عام 1922، أصدر البريطانيون قانون المناطق المغلقة، الذي ينص على السماح لشعب كل جزء بالسفر إلى الجانب الآخر. تم حرمان جنوب السودان من اللغة العربية وممارسة الإسلام من قبل الحكام البريطانيين. في المقابل، تم تشجيع المبشرين المسيحيين الغربيين على العمل وإدارة المدارس والعيادات الطبية وتقديم خدمات اجتماعية محدودة في جنوب السودان. حافظت البعثات الرومانية الكاثوليكية والأمريكية والأنجليكانية على مناطق نفوذ جنوبية منفصلة لتجنب المنافسة. كانت المقاطعات الجنوبية مستعدة للتكامل مع شرق أفريقيا البريطانية.